По хорошему под каждую зарядку нужно создавать отдельный акт подтверждающий объем потребленного электричества. Потребление считать через отдельный счетчик, с выделением вида затрат из общепроизводственных в административные на транспорт. Если не выделять то могут возникнуть вопросы к использованию машины в хоздеятельности.
Нормально оформить и провести официальную компенсацию физлицу за потребленное электричество по домашней зарядке будет сложно. Лично меня смущает предоставление физлицом услуги по поставе э/енергии юр. лицу без лицензии, разрешений и т.п.