Чистота и прозрачность воды вещь не постоянная. Думаю, что в среднем в Гурзуфе, благодаря Медведу море спокойней, а значит и вода прозрачней, чем в Алупке, не имеющей такой массивной защиты. Дайвингил я в Алупке и возле Медведа. У Медведа вода намного прозрачней.
На ваш отпуск скорее всего пришелся ливень, который спустил в море и на набережную кучу земли. Понятно, что морю надо несколько дней, чтобы муть осела.