Вечером общался с знакомым дознавателем - таки да, перекрёсток считается один, относящийся к категории "сложный" (в ПДД этого понятия нет, зато есть в комментариях). Знак СТОП таки обязателен при проезде перекрёстка при неработающих светофорах, при работающих весь перекрёсток со всеми пересечениями считается регулируемым и знак не должен браться во внимание. Если же вместо знака ещё один светофор (как на картинке выше от ГыГы - должно остановиться и перед ним).
P.S. Посыпаю голову пеплом...