А в каком месте компутер меряет напряжение? Есть возможность измерить непосредственно на генераторе? Еще нужно проверить массу на двигателе (как вариант произвести измерение напряжения между минусом АКБ и корпусом двигателя, если более 0,4В есть повод задуматься о качестве контактов.
Считаю, что при самых худших вариантах напряжение не должно быть ниже 13.2В.